Cuối thế kỷ XII đến cuối thế kỷ XIV phần phía Tây Thạch Thành ngày nay là huyện Tế Giang. Phần đông của huyện Thạch Thành ngày nay là huyện Yên Lạc. Đến thời Hậu Lê Thạch Thành thuộc phủ Thiệu Thiên có tên là huyện Quảng Bằng và Thạch Thành. Huyện Quảng Bằng có 5 tổng, 23 sách, thôn trang ( 5 tổng gồm: Quảng Địa, Án Đổ, Phú Ổ, Cổ Biên, Trường Cát), huyện Thạch Thành có 6 tổng, 30 sách thôn, trang ( 6 tổng gồm: Văn Lung, Bỉnh Bút, Kim Động, Trạc Nhật, Tự Cường, Hòa Luật).

          Đến thời Gia Long, huyện Quảng Bằng đổi thành Quảng Bình, thời Minh Mệnh đổi huyện Quảng Bình, thành Quảng Địa, sau lại đổi thành Quảng Tế. Đến năm Minh Mệnh thứ 17 ( 1936) nhà Nguyễn cắt huyện Vĩnh Lộc, Cẩm Thủy, Quảng Địa, Thạch Thành thàh lập phủ Quảng Hóa. Sang thời Tự Đức, Quảng Tế và Thạch Thành hợp nhất thành huyện Thạch Thành thuộc phủ Quảng Hóa.

          Trước cách mạng tháng tám (1945), Thạch Thành vẫn giữ nguyên là 53 làng, 11 tổng, nhưng sau đó phát triển thêm 35 làng, thành 88 làng, huyện lỵ đóng ở đồi Phú Sơn ( tổng Trưởng Cát) xã Thạch Cẩm thời kỳ này thuộc tổng Quảng Tế, gồm có 3 Mường: gồm có 3 Mường, Mường Roòng, Mường Én, Mường Vôn.

          Sau cách mạng tháng tám năm 1945, thực hiện Quyết định của ủy ban nhân dân cách mạng lâm thời tỉnh Thanh Hóa nhằm xóa bỏ hệ thống tổ chức hành chính của chế độ thực dân phong kiến, thành lập hệ thống hành chính mới. Chính quyền cách mạng đổi thành 11 xã. Lúc này vùng đất Thạch Cẩm thuộc xã Lê Lợi. Năm 1950, xã Lê Lợi được chia tách. Xã Thạch Cẩm ( lớn) được thành lập gồm có xã Thạch Cẩm ngày nay, Thành Mỹ, Thành Yên, làng Cự Nhan thuộc xã Thành Vinh ngày nay, làng Tự Cường thuộc xã Thành Minh ngày nay, Làng Bái Đằng thuộc xã Thạch Sơn ngày nay.

          Thực hiện chủ trương của Ủy ban nhân dân hành chính tỉnh Thanh Hóa, cuối năm 1953 đầu năm 1954, huyện Thạch Thành đã tiến hành phân chia lại địa giới hành chính các xã trong huyện, chia các xã lớn trước đây thành 24 xã. Xã Thạch Cẩm được chia làm 3 xã: Thạch Cẩm, Thành Yên, Thành Mỹ. Làng Bái Đằng sát nhập với xã Thạch Sơn, Làng Cự Nhan sát nhập với xã Thành Vinh, làng Tự Cường sát nhập với xã Thành Minh.

          Có thể nói, vùng đất Thạch Cẩm, huyện Thạch Thành có lịch sử hình thành và phát triển lâu đời. Người đến sau nối tiếp người đến trước, các dân tộc, dòng họ, gia đình cùng quần cư bên nhau, sát cách chống chọi với thiên nhiên, khai phá đất đai, phát triển sản xuất và xây dựng quê hương. Cùng với thời gian, nhân dân các dân tộc xã Thạch Cẩm đã bỏ biết bao công sức để xây dựng, tạo nên xóm làng khang trang, no ấm. Những gia phả, thần phả, những câu chuyện dân gian huyền thoại được hình thành và lưu truyền trong nhân dân đã khắc họa nên quá trình phát triển, thành một xã Thạch Cẩm giàu đẹp như ngày hôm nay.